La institución fue fundada por la Congregación Hijas de Santa Ana. Esta congregación tiene su origen en Italia el 8 de diciembre de 1866. Su fundadora, la Beata Madre Rosa Gattorno, emprendió la tarea de ayudar a los pobres con una voluntad inquebrantable. Orientó su tarea a la creación de orfanatos, hospitales, escuelas y al momento de su muerte, el 6 de Mayo de 1900, había en Italia, Bolivia, Brasil y Chile, más de 300 casas.
En el verano de 1959-1960 comienza a gestarse lo que hoy conocemos como el ISSA. En aquel momento se incorpora a la enseñanza el profesorado de Bellas Artes que originalmente daba el título de Maestro de Dibujo, que habilitaba para ejercer en nivel primario y pre-primario. A partir de 1964 se crea el profesorado a nivel terciario que otorgaba el título de Profesor de Pintura y/o Grabado para ejercer la docencia a nivel secundario y terciario. En 1975 cambia la modalidad del departamento y la enseñanza tendrá un total de 5 años. En una búsqueda continua por brindar la mejor calidad educativa, que se adapte a las necesidades actuales, el Profesorado se ha ido renovando tanto en sus contenidos, modalidad de cursadas y asignaturas indispensables para la formación de los profesionales de nuestro tiempo.
En la actualidad, el ISSA participa de Bienales, exposiciones, premios y eventos culturales que dan cuenta del nivel de los alumnos de nuestro instituto. A lo largo de todos estos años docentes de gran trayectoria como Ballester Peña, Fernández Segura, Isabel Robol, Antonio Latorre, Rubén Locasso, Maggie Atienza, Leonor Moscarda, Marta Cesani entre otros, han creado las bases de nuestra institución que se caracteriza por el nivel pedagógico y humano.
En 1960-1961 se gestiona la incorporación del primer año del Profesorado de Músicas, sucesivamente se van incorporando los 6 años restantes, de modo que queda completo el ciclo en 1967.
Las alumnas recibían al finalizar sus estudios, el título de Profesora Nacional de Música que las habilitaba para ejercer la docencia en los tres niveles Inicial, Primario y Medio.
La primera directora fue la Hna. Margarita Uslenghi, hasta el año 1976. Desde ese año lo fue Magdalena Gauzzi.
Fueron grandes profesoras y pioneras de este profesorado: Amelia Foglia, Angela Roberts, Lily Sopeña, María Teresa Canutti, Magdalena Bigotti, Regina Benavente, Marta Gravano, María Cristina Pittaluga, entre otras.
En 1971, el Profesorado del Instituto Santa Ana y San Joaquín nació con la Congregación de religiosas Hijas de Santa Ana, gracias al trabajo de la Hermana Cristina Pérez Amuchástegui. Al año siguiente, se inauguró el nivel inicial y los profesorados Nivel Medio en Ciencias Económicas, Pedagogía y Ciencias de la Educación. Desde el momento de su fundación se ha caracterizado por la búsqueda del equilibrio entre una sólida formación académica y el desarrollo de una mirada sensible y comprometida conforme la tarea docente.
A partir del ciclo lectivo 2023, y luego de un proceso de varios años de estudio y con el acompañamiento de las autoridades educativas de la jurisdicción, el Nivel Superior del Instituto Santa Ana y San Joaquín A-252 se unifica con el Instituto Superior Santa Ana A-792 (ISSA Profesorado) donde se dictan los profesorados de Artes Visuales y Música.
Se trata de un proceso interno de unificación que busca fortalecer el nivel superior potenciando la identidad del mismo y respetando sus especificidades. En la actualidad (agosto 2024), el proceso se encuentra ya finalizando su unificación.
